O pequeno tamanho das células procarióticas limita a sua actividade metabólica uma vez que não possibilita a existência de grandes quantidades de DNA nem da maquinaria necessária à sua expressão. O aumento do volume da célula, por si só, não é solução uma vez que não é acompanhado por um aumento proporcional da área superficial, através da qual se verificam as trocas de gases, de nutrientes e de resíduos entre a célula e o meio.
O aumento da actividade metabólica foi conseguido pela evolução das células eucarióticas a partir das células procarióticas e pela origem da multicelularidade.
Há dois modelos que tendem a explicar a origem das células eucarióticas:
-Modelo autogénico – o sistema endomembranar das células eucarióticas terá evoluído a partir de invaginações especializadas da membrana de células procarióticas ancestrais. Essas invaginações deram origem a membranas internas; algumas terão rodeado porções de DNA que abandonaram o núcleo e terão dado origem a mitocôndrias e a cloroplastos. Podemos dizer que foi a célula que se auto-gerou.
-Modelo endossimbiótico – as células eucarióticas são o resultado da associação simbiótica de vários ancestrais procarióticas. A célula teria resultado da incorporação de organismos procarióticos, sem os digerir, por parte de outros procariontes primitivos. Seria um caso de endossimbiose, ou seja, uma associação entre organismos diferentes em que um deles (endossimbionte) vive dentro de outro (hospedeiro), beneficiando ambos desta associação.
A cooperação foi tão íntima e tão eficaz entre os diferente
s organismos que se tornaram dependentes e passaram a constituir organismos estáveis e singulares. Assim as células-hospedes vieram a constituir alguns organelos. Os cloroplastos resultaram da incorporação de procariontes fotossintéticos (como as cianobactérias) e as mitocôndrias teriam resultado da incorporação de procariontes aeróbios com uma grande capacidade respiratória.
O flagelo e o cílios terão também resultado de seres procariontes mais alongados que se uniram à membrana celular.
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